2024年，全省在長江、太湖、淮河三大流域148個淡水水生生物監測點開展淡水水生生物監測。

底棲動物 共監測到278種，主要優勢種為梨形環棱螺和霍甫水絲蚓，生物多樣性指數均值為2.74，多樣性級別為“良好”。

著生藻類 共監測到321種，主要優勢種為細鞘絲藻屬和舟形藻屬，生物多樣性指數均值為3.47，多樣性級別為“優秀”。

浮游植物 共監測到175種，主要優勢種為微囊藻屬和平裂藻屬，生物多樣性指數均值為3.59，多樣性級別為“優秀”。

浮游動物 共監測到后生浮游動物84種，主要優勢種為象鼻溞屬和螺形龜甲輪蟲，生物多樣性指數均值為2.81，多樣性級別為“良好”。

依據中國環境監測總站制定的水生態環境質量綜合評價方法，長江流域、太湖流域和淮河流域水生態環境質量保持在“良好”水平。13個設區市中南京市、徐州市、常州市、蘇州市、南通市、連云港市、鹽城市、揚州市、鎮江市、泰州市、宿遷市水生態環境質量處于“良好”水平，其他均處于“中等”水平。

2024年，對全省13個設區市的主要飲用水水源地與環境空氣開展微生物監測。主要飲用水水源地水質微生物達標率為96.0%。64個空氣微生物測點中，細菌含量評價為“清潔”的測點比例為84.4%；霉菌含量評價為“清潔”的測點比例為60.9%。